一、负责制定船舶运行管理的规章制度和管理办法;负责学校船舶运行与管理领导小组的办公室日常工作;
二、负责船员的选拔录用、安全与技术培训、业务考核以及证书管理等事务性工作;负责与协调实验员队伍的能力培养、技术培训、业务考核等工作;
三、负责海务管理工作,包括海事法律法规宣贯、通航服务、安全监督、船舶调度等工作;
四、负责机务管理工作,包括船舶、机械、仪器设备的技术指导,维护保养、备件更新等,并保持船舶技术状况及证书配备始终处于适航状态;
五、负责编制船舶年度维修、保养计划;负责船舶实验室和科考设备的管理、维护、保养工作;保障船舶良好的运行状态;
六、负责船舶燃料、船舶物资、生活物资、船员保险、实验室耗材等日常采购与管理工作;
七、加强对外合作和交流,实现调查船共享共用;负责拓展横向联系,争取远洋渔业资源调查与海洋科考的横向项目;
八、协助科技处编制年度航次计划和做好海上科考项目的全过程管理;
九、做好船舶运行的年度预决算工作;做好年度安全生产工作;做好本部门档案工作;
十、完成上级主管部门和学校领导交办的其他工作;落实本部门保密、档案等工作。