船舶管理中心前身为远洋渔业资源调查船建设管理办公室，负责远洋渔业资源调查船的设计与建造工作。2017年5月，更名为船舶管理中心，负责“淞航”号远洋渔业资源调查船的运行与管理，同时还负责“海鹰”号测量实习船的管理。

按照“1+4+5+25”配置，中心主任1名，全面负责船舶管理中心工作；综合办公室5人，办公室主任1人，1名综合行政人员，劳务派遣海务、机务各1人，负责岸基保障工作；科考实验部5人，实验主管1人，人事派遣实验员4人，负责“淞航”号综合调查实验室工作；“淞航”号25人，事业编制船长1人、轮机长1人、电机员1人，劳务派遣船员22人，负责“淞航”号的运行工作。